Prema projektu arhitektonskog dvojca, Ivanke Raspopović i Ivana Antića, muzej se gradio od 1960. do 1965. godine. Osnivač Miodrag B. Protić je osnivač, a već na samom otvaranju je dobio velike počasti za ideju i trud. Ivo Andrić, nobelovac koji je prisustvovao otvaranju je Protiću poželeo sve najbolje ali i naglasio da nikada ne bi želeo da bude na njegovom mestu, jer kada čovek u našem narodu stvori nešto veličanstveno, može da izazove veliku provokaciju. Kolekcija dela se sakupljala od 1958. godine kada je osnovana i Moderna galerija. Danas muzej poseduje više od 8.000 dela koji predstavljaju savremenu umetnost sa domaćih prostora iz 20. i 21. veka.

Muzej je izgrađen u obliku pčelinjeg saća, sa idejom da se naknadno proširuje u istom stilu, a arhitekte su osvojile Oktobarsku nagradu za ovaj fantastičan projekat. Od zatvaranja za publiku 2007. godine, pokrenuta je adaptacija zgrade. Renoviranje je obuhvatilo sređivanje krova, izmeštanje energetskog bloka u poseban objekat, kompletno sređivanje enterijera, zamenu instalacija, obnovu fasade i podrumskih prostorija u kojima se nalaze radionice, depo i atelje za konzervaciju i ekonomat. Sa novim izgledom i uređivanjem, dobijen je i prostor i oprema za izlaganje i prezentaciju umetničkih dela koji je u skladu sa svetskim standardima.